首先，未完成工程需要结算而甲方不配合时，可以考虑做鉴定以明确责任。其次，根据《合同法》等相关法律，若甲方不配合结算，承包商有权提起诉讼或仲裁。若不及时处理，可能导致工程款长期被拖欠，并产生额外的利息负担，影响企业资金流转。
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未完工程结算问题，处理方式如下：
1. 与甲方沟通，确认无争议部分成本，并尝试协商解决争议部分。
2. 若协商不成，准备相关证据，如合同、施工记录等，为后续行动做准备。
3. 正式提起诉讼或仲裁，要求甲方支付工程款及拖延期间的利息，确保合法权益得到保障。
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对甲方不配合结算的情况，常见的处理方式有协商、诉讼或仲裁。首先尝试与甲方进行友好协商，明确无争议部分成本；若协商无果，则应选择向法院提起诉讼或申请仲裁，以法律手段维护自身权益，并确保工程款及相应利息的支付。