员工在工厂合并后不愿去，若合同无法履行且未达成协议，可要求补偿。根据《劳动合同法》，用人单位非过失性辞退应支付经济补偿，按工作年限每满一年支付一个月工资。不及时处理可能导致员工权益受损，引发劳动争议。
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工厂合并员工不愿去，常见处理方式是协商或支付经济补偿。应先与员工协商，看是否能调整工作岗位或达成其他协议；若协商不成，则按法律规定支付经济补偿金，以维护员工权益。
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工厂合并员工不愿去可协商或补偿。具体操作：1.与员工沟通，了解不愿去的原因，尝试调整岗位或提供其他福利；2.若协商无果，根据《劳动合同法》计算经济补偿金，准备相关材料；3.与员工签订补偿协议，确保双方权益，避免后续纠纷。